Al proclamarse la independencia del Perú en el año 1821, ejercía la subdelegación el Teniente Coronel de Ejército don Anselmo Gago y el último en 1822, don Julián Lacarta, desempeñaba interinamente el cargo como autoridad en la ciudad de Moquegua (Villa en ese tiempo). Moquegua tuvo una relevante participación en la historia nacional durante la colonia y notable papel durante la lucha por defender la soberanía del Perú, primeramente contra el ejército español (1823 Batalla de Torata y Batalla de Moquegua). Uno de sus más destacados próceres, el mariscal Domingo Nieto, cuyo nombre lleva el regimiento escolta del Presidente de la República, peleó heroicamente en las batallas de Junín y Ayacucho. Participando y poniendo hincapié de la presencia del pueblo Moqueguano. Luego de algunos años, en 1836, se rumoraba desde el gobierno central sobre la posible unión entre el Alto y Bajo Perú, que poco a poco empezaba a ser confirmada, ya que desde el año 1834, existía un proyecto de Confederación proponiéndole Gamarra a Nieto la presidencia del Estado Sur Peruano que se conformaría (conformado por Ayacucho, Arequipa, Puno y Cuzco), oferta que el moqueguano rechazó, exigiendo más bien éste a Gamarra la rendición de sus fuerzas a Orbegoso que ejercía la presidencia del Perú en ese momento. Salaverry, principal opositor a la Confederación Perú-Boliviana, aprovechó el viaje de Orbegoso hacia el sur del Perú, para autoproclamarse Presidente Supremo de la República, enfrentándose con la alianza Orbegoso-Santa Curz, perdiendo en la Batalla de Socabaya el 7 de febrero de 1836. Fue hecho prisionero y fusilado en la Plaza de Armas de Arequipa. Sin mayor preámbulo, se continuó con los planes confederativos; ubicando a Moquegua dentro del departamento de Arequipa en el Estado Sud-Peruano en los años de la Confederación (1836-1839). Durante la batallas restauradoras, en Moquegua, se firmaba una acta en la que los habitantes de la ciudad de Moquegua, con intrepidez se separaban de la Confederación, siendo su voluntad se restableciese la integridad de la República. Con motivo de esta acción, las señoras y el pueblo salieron a las calles, vivando la Libertad, la Patria y el veterano que la ha salvado, refiriéndose, seguramente a Gamarra.
"La ciudad de Moquegua puede gloriarse de haber sido uno de los primeros pueblos de la República que amó la libertad y la independencia. Los españoles destruyeron aquella población, entregándola al furor y al saqueo de la soldadesca desenfrenada, en los momentos que un triunfo sobre nuestras armas habría henchido su orgullo y su deseo de venganza. Un castigo tan bárbaro, ejecutado para ser más cruel y horroroso, cuando la sangre peruana humeaba todavía en sus calles y casas, no pudo contener su patriotismo, ni moderar su odio justo e implacable a los enemigos de la libertad, han sido extraordinarios su entusiasmo y decisión, tocando hasta el delirio. el pueblo y las señoras han paseado por las calles vivando la Libertad, la Patria y el veteranoque la ha salvado. Músicas y regocijos no han cesado un momento, y en Moquegua se han renovado en esta ocasión los solemnes juegos de la Grecia consagrados a la Liberad. Hijos ilustres de Moquegua: Sois dignos de ella. Vuestros hermanos de Arequipa os felicitan por vuestras virtudes cívicas; cada día sois más queridos a nuestro corazón porque en los días de esclavitud y de dolor, no quisisteis separaros de nosotros, no siendo bastante para arrancaros de nuestros brazos la espada del conquistador..." "El Republicano" de Arequipa, edición 6.
Una vez disuelta la Confederación (1839), otro hecho importante durante la república fue el terrible terremoto del 13 de agosto de 1868, el que suprimió a la ciudad y la despojo de su arquitectura como ningún otro sismo lo habría hecho. Esta es una carta pidiendo auxilio en nombre de las víctimas:
Moquegua, Agosto 14 de 1868
Mi señor General Prefecto de este departamento:
Con bastante sentimiento comunico a usted que a las cinco de la tarde de ayer, se sintió un fuerte terremoto que ha destruido la mayor parte de la población; los movimiento de la tierra fueron tan recios y repetidos que no ha habido casa que haya podido resistir sin ser gravemente averida, esto es, la que no sido derribada desde sus cimientos. Lamentablemente en extremo es señor Prefecto el cuadro que presenta esta ciudad; los templos, hospital y colegio todo queda derribado, incluso el reloj público. Las bodegas de las haciendas han tenido igual suerte y los licores que contenían, han corrido por el campo. Las pérdidas que nos ha ocasionado la catástrofe de que doy parte a usted son de pronto incalculables, y muchos años pasarán sin poder recuperarse; nótanse igualmente en el comercio perjuicios de gran consideración, pues casi todas las tiendas en su desploma han cubierto y destrozado los artículos que contenían. Respecto a las víctimas que se lamente, no es posible por ahora fijar el número de las que habrían perecido en las casas derribadas, pues no existiendo en la policía una fuerza competente, no se ha podido levantar los escombros, además de que los movimientos de la tierra hasta ahora mismo se repiten amenazándonos mayor ruina, y en lo poco que se han levantado los escombros, se han encontrado cuarenta y tantos cadáveres entre hombres, mujeres y niños, y de temor se halla toda la gente del campo. Con el fin de desenterrar los muertos, levantar escombros y demoler edificios que ofrecen peligro he oficiado al Comandante General Coronel Leyseca, para que me remita de Torata parte del batallón, y por el oficio que de dicho Coronel adjunto a usted, se impondrá de que en aquel pueblo ha ocurrido iguales desgracias. Dígnese pues usted si lo juzga conveniente poner esta comunicación en conocimiento del Supremo Gobierno para que sirva exonerar a esta Provincia del pago de la contribución predial del semestre de San Juan que lo juzgo imposible de realizar, pues hasta la fecha no se ha conseguido su realización.
Dios Guarde a usted.
P.O. Cores
INFORME DEL SUPREMO DE MOQUEGUA
Los terremotos en la época republicana fueron: 13 de septiembre de 1833, 13 de agosto de 1868, 11 de mayo de 1948, 23 de junio del 2001. Luego, en la Guerra del Pacífico, Moquegua tuvo una destacada participación, especialmente en la Batalla de Los Ángeles, dada el 22 de marzo de 1880, ocurrida en lo que actualmente se conoce como Alto la Villa o también Los Ángeles, centro poblado mayor de la ciudad de Moquegua. Iniciada la Batalla de Los Ángeles, desde la cinco a las diez y media de la mañana, los peruanos tuvieron 30 muertos y unos 70 heridos. Para los chilenos, las bajas fueron unos 100 muertos y mayor número de heridos. Después del triunfo en varias batallas entraron los chilenos a Moquegua, dedicándose al saqueo y al pillaje. La mayor parte de haciendas sufrió los desmanes y destrozos por parte del Ejército de Chile, quienes aniquilaron el ferrocarril Ilo-Moquegua, se llevaron joyas, reliquias familiares y religiosas, la base metálica de la pileta en la Plaza de Armas, piscos y vinos, dejando tras su paso humo, tristeza y ruinas en la ciudad de Moquegua, como consecuencia la pujante industria vinícola colapso y cayó en el olvido.Permanecieron los chilenos en Moquegua hasta el 27 de abril de 1880, siendo la división del Coronel Muñoz la última en abandonarla. Fue dejado un pequeño destacamento de 50 soldados de caballería al mando del Alférez Letelier, quien debía requisar ganado para el mantenimiento del ejército invasor. Letelier reunió en el interior unas 300 reses y otros productos con los que llegó a Moquegua, pero un grupo de moqueguanos encabezado por Pedro Flores, atacó e hizo prisionero a Letelier quitándole el ganado y los productos requisados. En Tacna continuaba la campaña, con la Batalla del Alto de la Alianza; finalmente se perdió la Guerra del Pacífico, Perú perdió territorio y quedo en la ruina en cualquier sentido. Actualmente la Ciudad de Moquegua, es la capital del Departamento de Moquegua, creada por Ley N°8230 en el Gobierno del Presidente Oscar Benavides, cuenta con un ambiente acogedor y tranquilo, con diferentes atractivos turísticos e históricos (en remodelación: Plazas, Pileta, calles, etc.). Su alcalde es el Sr. Edmundo Coayla Olivera y a partir de enero será el Dr. Alberto Régulo Coayla Vilca.
